Potraviny a krmiva mohou být zdrojem patogenních a oportunně patogenních bakterií, které mohou následně kolonizovat trávicí trakt hostitele a způsobit zdravotní komplikace. Způsob uskladnění a zpracování potravin a krmiv má významný vliv na četnost těchto bakterií, ale i produkci jejich toxinů a schopnost virulence. Jedním z cílů mikrobiologických analýz je monitoring výskytu a aktivity oportunních patogenů jako jsou Sarcina ventriculi a Sarcina maxima, Lactococcus garviae a Streptococcus agalactiae v mikrobiotě hostitele, v potravinách a krmivech a to v různých fázích zpracování. Provedené genotypové a fenotypové analýzy pomohou objasnit jejich patogenitu a interakce s ostatními mikroorganismy a samotným hostitelem.
Dále je v rámci aktivity studován výskyt patogenních sporulujících bakterií v potravinách rostlinného a živočišného původu. Jedná se zejména o bakterie skupiny Bacillus cereus a Clostridium perfringens. Dále je testována citlivost těchto druhů a Listeria monocytogenes k bakteriocin produkujícímu kmeni Bacillus sp. PT89. Studovány jsou také podmínky, za kterých je bakteriocin PT89 exprimován a jeho vlastnosti: vliv na tkáňové kultury, hemolytická a lecitinázová aktivita, odolnost vůči trávicím enzymům, různým hodnotám pH, žlučovým solím, teplotám atd. Dále bude testován vliv PT89 na přežívání a růst Listeria monocytogenes v siláž. Siláž bude experimentálně inokulována touto bakterií a její počty budou sledovány s a bez přídavku. Je studována distribuce genů kódujících faktory virulence u Aeromonas spp., izolovaných z chovných rybníků, zdroje pitné vody a rekreačních oblastí. Hodnocena bude míra rizika vzniku onemocnění chovných ryb, kontaminace rybích produktů a alimentárních nákaz člověka.
Realizujeme stanovení inhibiční aktivity (MIC) rostlinných extraktů vůči pathogenním bakteriím, jako např. salmonely, kampylobaktery, streptokoky, stafylokoky apod. Dále jsou sledovány interakce výše zmíněných látek (antagonismus, synergie, aditivní účinek) s antibiotiky pomocí stanovení FIC.
Na rostlinných materiálech kontaminovaných plísněmi je testován vliv ošetření mikrovlnným zářením na inhibici růstu plísní. Bude studována aktivita alternariových mykotoxinů na in vitro buněčných liniích, bude sledována jejich cytotoxicita a vliv na adhezi laktobacilů. Bude testováno, zda jsou probiotické bakterie schopny vyvazovat nebo jinak interagovat s mykotoxiny, za účelem jejich využití jako protektivní kultury pro snížení obsahu mykotoxinů v potravinách.